たんぱく質の構造

電子の軌道の計算方法を勉強していたら、原子間の共有結合の結合角度と結合距離さえわかればどんな分子でも構造を表現できることがわかりました。

さらに調べると、世の中にはProtain Data Bank(http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do)というところにたんぱく質と遺伝子の情報が全部数値化されて公開されているようです。

表示は、PyMol(http://www.pymol.org/)という分子モデルビュワーがあってそれを使うときれいなCGが作れるようです。

たんぱく質は数十から数百のアミノ酸のできていて、そのアミノ酸同士の結合パターンは10種類。
n個のアミノ酸からできていると10のn乗回の計算をしないと、それぞれの部分がどの結合になるのかコンピュータで構造を求められないのもわかりました。だから解析装置で解析しないといけないのね。


ということで、僕の長年の夢である、ヒトのヘモグロビンのデータ(http://www.rcsb.org/pdb/explore.do?structureId=1LFQ)を取得して、たんぱく質の立体構造を出力してみました。

黄色の色のアンテナの網みたいな部分に酸素がくっつくみたい。

いろいろなウイルスとかのデータもあって結構面白い。
僕が大学生のときにこんな面白いものがあったらもっと勉強したのに。